Dr. Smith hade under hela sin hittillsvarande verksamhet varit intresserad av att söka orsaken till de besvär hans patienter hade. Smith var ju från början kiropraktor och han strävade efter att bevisa subluxationsteorins riktighet genom att uppfinna flera instrument för att påvisa hur kotor delvis kunde hoppa ur led. Under dessa studier blev Smith kritisk till Palmers subluxationsteori då han med sin forskning snarast påvisade att kotor inte alls kunde hoppa ur led på det sätt som tidigare beskrivits. Smith började då söka andra orsaker till besvär och inledde forskning med sådan inriktning på allvar under 1905.
Enligt Smith själv gjorde han den upptäckt som ledde till skapandet av professionen Naprapati den 16 november 1905, klockan 23.45. Under dissektion av ett preparat hade Smith tagit ett vävnadsprov från ryggraden och de strukturer som omger ryggradens leder. Vävnadsprovet innehöll även de ligament som omger lederna och det var just detta Smith var intresserad av. I sitt mikroskop såg han i ligamenten ärrvävnad som växt samman med och påverkade närliggande nerver, artärer och vener. Smith insåg omedelbart att hans upptäckt var banbrytande, detta kunde ju vara svaret på det han letat efter, en orsak till smärtan patienterna sökte honom för. Han blev enligt egen utsago så lycklig att han ”dansade en jig” med sig själv. Det fynd han gjort ledde senare fram till de teorier som låg till grund för naprapatin, ligatite-teorierna. Smith skrev under de kommande åren fram till 1907 ner sina forskningsrön men publicerade inte dessa förrän år 1919 i The Connective Tissue Monograph: Naprapathic Connectivology vol I.
Under åren 1904-1905 skrev Smith den bok som kom att bli den första egentliga läroboken i manuell medicin, Modernized Chiropractic.
Boken gavs ut 1905 och kompletterades senare med ett 16-sidigt tillägg som beskrev utvecklingen av naprapatin, ”Naprapathy Genetics: Being a study of the origin and development of Naprapathy”.
I boken presenterade Smith inte bara sina teorier om ligatites från vilka han byggde den grundidé som kom att prägla naprapatin utan även hur man skulle organisera sin klinik och sitt sätt att undersöka och behandla patienterna för att bedriva bra vård. Modernized Chiropractic var en banbrytande bok på många sätt. Bland mycket annat var den ju faktiskt den första riktiga dokumentationen inom kiropraktik och manuell medicin. Men den var egentligen inte att betrakta som kiropraktik utan ”Modernized Chiropractic” och skulle enligt Smith ses som något nytt – det han egentligen beskrev var ju naprapati även om inte det namnet var taget ännu. Författaren omnämner inte Palmer och de tekniker han lärde ut, utan tillskriver istället dessa tekniker napravit och de böhmiska invandrarna. I boken finns bland annat en bild på en invandrare från Böhmen som behandlar en landsman med just de tekniker som Palmer hävdade att han var först med.
För att ge ett historiskt perspektiv på detta så var denna region i USA, i vilken såväl Smith som Palmer var verksam, ett område med mycket invandring från just Böhmen vilket gör det mer än troligt att såväl Smith som Palmer faktiskt inspirerats av dessa personer. Författarna till Modernized Chiropractic hävdar att napravit är en av grundstenarna även för kiropraktiken. Modernized Chiropractic gav också den första referensen till det man idag kallar rörelsepalpation – att undersöka kroppen och lederna i dynamisk rörelse istället för i vila.Smith såg lederna i ryggen som om de hade ett normalt rörelseomfång och en normal rörelseaxel. Dessa referenser till ryggradsdynamik ligger till grund för mycket inom manuell medicin av idag. Rötterna till teorierna om vikten av dynamisk rörelse kommer alltså från Smith, vilket flera framstående forskare senare bekräftat.
Att utöva manuell medicin under den här tidsperioden var inte alltid enkelt. Det traditionella medicinska etablissemanget var kritiskt till all komplementär medicin och företrädarna för de olika grenarna, till exempel manuell medicin, fick kämpa hårt för att befästa sina discipliner.
Det förhållningssätt företrädarna för den traditionella medicinen hade, ledde till att kiropraktorerna blev anklagade för att bedriva olaglig verksamhet – man hävdade att de bedrev medicin utan licens. Kiropraktorerna själva hävdade att deras verksamhet var något helt annat, nämligen kiropraktik, och att skillnaderna mellan det de gjorde och traditionell medicin var stora. De skolmedicinska företrädarna drev sin anklagelse mot kiropraktorerna till rättegång. För att påvisa skillnaderna mellan kiropraktik och traditionell medicin använde sig kiropraktorernas advokater i rättegången av Modernized Chiropractic, detta trots att kiropraktorerna från början inte på något sätt erkände vare sig Dr. Smith eller hans lärobok. Företrädarna för kiropraktiken vann rättegången och kunde fortsätta praktisera som tidigare.
Smith´s utgåva av Modernized Chiropractic fick Palmer att komma ut med en lärobok ett antal veckor efter att Modernized Chiropractic publicerades. Boken hette The Chiropractor.
Smith´s bok, Modernized Chiropractic, gavs, med Naprapathögskolan i Stockholm som initiativtagare och i samarbete med National College of Naprapathic Medicine, Chicago, ut i ny upplaga 2007 under namnet The History of Naprapathic Medicine.